Aus einer Siedlung an der Burg wurde 1445 zunächst ein Städtchen, 1590 schließlich die Stadt Dohna. Seit der Vertreibung der Burggrafen von Dohna 1402 gehörten Burg und Stadt zur Mark Meißen. Die heutige Stadtkirche, als St. Petrus und St. Marien geweiht, entstand als spätgotische, dreischiffige Hallenkirche. Die östliche Chorwand trägt die Jahreszahl 1489. Der dreiseitig geschlossene Chor und der untere Teil des Turms an der Südostecke des Langhauses dürften bereits Anfang des 15. Jahrhunderts entstanden sein.

Zwischen 1833 bis 1841 wurde St. Marien nach Plänen von Joseph Thürmer und nach dessen Tod unter Mitwirkung von Gottfried Semper restauriert. Bedeutendstes Ausstattungsstück ist der Marienaltar von 1518 geblieben. Eine reizvolle, offene Freitreppe von 1684 führt zum Turm. Die äußere Architektur des Langhauses wurde 1980/81 wiederhergestellt.

Der Marienaltar rückte im Jahr 2018 besonders in den Blick. Bei Restaurierungsarbeiten in den 1920er-Jahren fand man die Zahl 1518.