Der Gertrudenkirchhof ist ein Platz in Hamburg-Altstadt. Hier befand sich bis zum Hamburger Brand die namensgebende Gertrudenkapelle.

Die Gertrudenkapelle befand sich im Nordosten der Stadt zwischen Spitaler Straße und Rosenstraße. Hier wurde im 14. Jahrhundert, wahrscheinlich im Pestjahr 1350 ein Friedhof angelegt, der jedoch später nicht mehr genutzt wurde. Der Name Gertrudenkirchhof erinnert daran.

1391 wurde eine Stiftungsurkunde von zwei Bruderschaften ausgestellt, der Bruderschaft zu Sankt Gertruden, die sich den Armenbegräbnissen auf dem Friedhof widmete und die Allerheiligen-Bruderschaft der Maurer und andere Bauhandwerker. Der wahrscheinlich 1399 fertiggestellte Bau der Kapelle war achteckiger Zentralbau mit eingesetzten Kapellen mit jeweils eigenem Giebel. Im 15. Jahrhundert wurde im Osten ein Chor angefügt und das ursprüngliche Faltdach durch eine neue Konstruktion ersetzt.

Zur Ausstattung gehörte ein Hauptaltar der heiligen Gertrud und ein Allerheiligen-Altar der Maurerbruderschaft, drei weitere Altäre waren Mariä Verkündigung, der heiligen Ursula und der heiligen Alegunde geweiht.

Nach der Reformation wurde die Kirche zunächst nicht mehr genutzt. Sie erhielt 1605–1607 eine neue Orgel von Hans Scherer dem Älteren.[1] Die Kapelle wurde 1607 mit einem festlichen Gottesdienst wieder eingeweiht, der von Lucas von Cölln in einem Predigtdruck beschrieben wurde und wertvolle Hinweise auf die Kirchenmusikpraxis in Hamburg dieser Zeit enthält. Danach wurden wieder regelmäßige Gottesdienste in St. Gertrud von Diakonen der Hauptkirche St. Jakobi gehalten.