Die Heilig-Geist-Kirche ist bereits das dritte Bauwerk an gleicher Stelle auf dem Kirchberg der Insel Werder. Die erste Kirche wurde um 1250 durch die Zisterziensermönche des Klosters Lehnin (ca. 20 km in südwestlicher Richtung von Werder) errichtet. Diese Kirche stand bis zum Jahre 1736. Dann wurde sie abgerissen, weil sie baufällig und au§erdem für die Gemeinde zu klein geworden war. Die zweite Kirche war mit einem gedrungenen Fachwerkturm versehen. Sie diente der Gemeinde gut 100 Jahre als Gotteshaus. Danach wurde auf Anregung des Königs Friedrich Wilhelm IV die bis heute erhaltene Kirche erbaut. Die Einwohnerzahl der Stadt Werder war weiter angewachsen. Durch den regen Handel mit Obst und Gemüse, vor allem für die Großstadt Berlin, war auch der Wohlstand der Bewohner gewachsen. Werder wurde ein beliebtes Ausflugsziel für die Berliner. Zwischen Berlin und Werder wurde der erste Raddampfer auf der Havel eingesetzt. In dieser Zeit erhielt der Baumeister August Stüler den Auftrag, eine neue Kirche inmitten der schönen Havellandschaft zu bauen.