1630 wurde die Pfarrkirche nach einem verheerenden Brand wieder aufgebaut. 1820 stürzte ein Teil des Turmes ein, so dass die Kirche dringend reparaturbedürftig war. Erst im Jahre 1830 ging man, nachdem die Rekonstruktion abgelehnt worden war, nach Entwürfen von Siedler und Schinkel an den Neubau.

1999 wurde mit staatlichen und kirchlichen Fördermitteln, sowie weiteren Spenden die Außenhülle und das Dach der Kirche erneuert. Besonderen Wert wurde im Bereich des Daches, der Gesimse und der Fenster auf die Wiederherstellung des historischen Erscheinungsbildes der Seelower Stadtkirche gelegt. Zeitgleich wurden die Funktionsräume im Kirchenschiff unter zeitmäßigen Gesichtspunkten rekonstruiert.