Die Kirche, die dem Evangelisten Johannes geweiht ist, wurde 941 erstmals als eine der Vorgängerkirchen geschichtlich erwähnt. Zudem wurde sie 1015 Deutschlands erste Kaufmannskirche und 1524 hielt Luther hier seine Predigt, die Magdeburg zur Anschluss an die Reformation bewegte.

Während des zweiten Weltkriegs wurde die Kirche fast komplett zerstört und erst 1999 war sie wieder weitestgehend restauriert. Besondere sehenswert sind hier das Martin-Luther-Denkmal vor der Kirche, das Grab Otto von Guerickes, die Zwillingstürme sowie die Skulptur "Die trauernde Magdeburg". Dies ist die einzige Skulptur die der Zerstörung der Kirche nicht zum Opfer gefallen ist.