Die St. Johanniskirche ist eine ehemalige Klosterkirche in Brandenburg (Altstadt). Die Johanniskirche ist ein einschiffiger Hallenbau, der komplett aus märkischem Backstein in spätgotischem Stil errichtet wurde. Ein schlanker Turm begleitet das Kirchengebäude zwischen dem südlichen Übergang vom Kirchenschiff zum Chor seit 1460 bis 1469. An die Nordwand wurde ein Anbau gesetzt. Die ansässige Kirchengemeinde nutzte ihn noch bis 1985 für Gottesdienste.

Im Jahre 1237 wurde ein Franziskaner-Konvent von Ziesar nach Brandenburg an der Havel verlegt. Nach Friedrich Grasow wurde an Stelle der heutigen Kirchenruine um 1240 eine erste, turmlose Kirche errichtet. Der heutige Bau wurde durch verschiedene Anbau- und Aufstockungsmaßnahmen ab dem Jahre 1411, traditionell vom Chor beginnend, aufgeführt.