In den zweiten Bauabschnitt fällt auch die Vollendung des wertvollen Freskos in der Westapsis (1160).

Während der Neusser Fehde (1474-1477) erlitt die Ostapsis schwere Beschädigungen, so dass Abt Ludger sie 1477 im gotischen Stil erneuern ließ.

Um 1631 erhielt die Kirche neue Dächer. Gleichzeitig erhöhte man die Hochschiffwände und die Querhausgiebel, die Giebel des Vierungsturmes wurden horizontal beigemauert.

Der Anbau der heutigen Hauskapelle geschah zwischen 1678 und 1698.

Im 17. und 18. Jh. hatte man die Kirche mehrfach im barocken Stil ausgeschmückt - von dieser Barockausstattung ist heute nichts mehr erhalten.

Ein Brand in 1869 machte Stift und Kirche zur Ruine. Bauvereine ließen ab 1878 die Kirche erneuern und auch Brandschäden am Fresko in der Westapsis beseitigen.