Die Nikolaikirche ist nicht die erste Kirche auf dem Marktplatz. Ein überwiegenden hölzener Kirchbau wurde dort schon etwa 1150 zu Bischof Vicelins Zeiten errichtet. Im Jahr 1691 löste eine große, repräsentative Backsteinkirche mit kreuzförmigen Grundriss den Vorgängerbau ab. Der Plöner Herzog Hans-Adolf hatte sie etwa zur gleichen Zeit wie die Johanniskirche (damals Neustädter Kirche) errichten lassen. An Johanni (24. Juni) 1864 brannte die Nikolaikirche nach einem Blitzschlag  fast völlig nieder. In der "Chronik des Brandes", die man in der Turmkugel bei der Neueindeckung des Kirchturmes 1993 gefunden hat, wird berichtet, wie erst Stunden nach einem schweren Donnerschlag der Turm der Altstädter Kirche plötzlich in hellen Flammen stand und alle Versuche, das Feuer zu löschen wegen des starken Windes vergeblich waren. Fast das gesamte wertvolle Inventar wurde ein Raub der Flammen. Zwei Jahre später begann der Wiederaufbau der Kirche, der 1868 nach großen Opfern der Gemeinde vollendet wurde. Die Kirche hatte nun ein neuromanisches Erscheinungsbild mit den für die Romanik typischen Rundbogenfenstern; die Inneneinrichtung orientierte sich jedoch mehr an den gotischen Stilelementen. Die Decke bestand aus einem hölzernen Tonnengewölbe. Der Turm, der zuvor bei 30 Metern eine begehbare Außengalerie besessen hatte und von dort aus in einen achteckigem Teil übergegangen war, wurde neu gestaltet. Die Turmhöhe wurde in etwa belassen, sie beträgt heute ca. 60 Meter. In der Kriegs- und Nachkriegszeit hat die Kirche besonders am Gewölbe und an den Wänden stark gelitten, die umfangreichen Renovierungen wurden erst 1985 vorläufig abgeschlossen.