Unter dem Dach der Pinakothek der Moderne befinden sich voneinander unabhängige Museen.

Dazu gehören die Sammlung für Moderne Kunst, die der Bayerischen Staatsgemäldesammlung angehört, die Neue Sammlung, das Staatliche Museum für angewandte Kunst, das Architekturmuseum der Technischen Universität München, sowie die Staatliche Graphische Sammlung.