Die ersten Planungen zu St. Bonifatius reichen ins Jahr 1897 zurück. Die katholische Gemeinde im Frankfurter Stadtteil Sachsenhausen wollte ihrem Platzmangel mit einem Neubau abhelfen. Ein eigens gegründeter Kirchenbauverein verständigte sich mit dem Paderborner Bonifatiusverein, zum 1200-jährigen Jubiläum des ersten Auftretens des “Apostels der Deutschen” 1916 eine Kirche zu errichten. Durch den Ersten Weltkrieg verschob sich das Projekt immer wieder, bis 1925 endlich ein Wettbewerb ausgeschrieben wurde. Das Preisgericht entschied sich für einen Entwurf Martin Webers, mit dem 2. Preis wurde Hans Herkommer, mit dem 3. die Gemeinschaft Huch und Grefges ausgezeichnet.

Letztlich ausgeführt wurde eine Kombination von Webers Siegerentwurf und einer Alternativplanung mit sechseckigem Turm, die er ebenfalls eingereicht hatte. Der Grundstein wurde am 27. Juni 1926 gelegt, am 7. August 1927 die Weihe begangen. Nachdem man bis 1948 Kriegsschäden an Gewölbe und Ausstattung beseitigt hatte, erfuhr vor allem das Innere zahlreiche Eingriffe – von der nachkonziliaren Neuordnung des Altarraums (künstlerische Leitung: Bischöfliches Bauamt Limburg) in den späten 1960er Jahren bis zur Neugestaltung der Gedenkkapelle, die heute Werktags- und Gruppengottesdienste aufnimmt. Mit der Renovierung von 1987 erhielt der Kirchenraum weitestgehend sein ursprüngliches Aussehen zurück. Letzte Veränderungen, z. B. die Einrichtung einer mobilen Bestuhlung, wurden mit der Nutzungserweiterung zur Jugendkirche 2005 erforderlich.