Am 24. September 2000, genau 50 Jahre nach dem Wiederaufbau aus dem Kriegstrümmern, wurde die Thomaskirche nach 9monatiger umfassender Renovierung und Umgestaltung des Innenraumes erneut geweiht.
In der Nordwand über dem Altar wurde die 1945 zugemauerte Fensterrosette wieder geöffnet und mit einer modernen Glasgestaltung (Entwurf von Susanne Precht / Lauscha, Herstellung Glasstudio Derix / Taunusstein) versehen.
Die Zwischentür vom Vorraum zum Raum unter der Orgelempore wurde ebenfalls als Glastür neu gestaltet.
Der Innenraum wurde vollständig neu ausgemalt.
Der teilweise Umbau des Gestühls ermöglicht eine variable Raumnutzung, besonders für Konzerte und andere größere Veranstaltungen.
Bereits 1998 war das Eingangsportal neu gestaltet worden mit Bronzereliefs von Prof. Werner Stötzer zu Szenen aus dem Leben des Apostels Thomas.
Die Leitung dieser Kirchenrenovierung lag in den Händen des Gemeindekirchenrates zusammen mit den beiden Gemeindepfarrern A. Lindner und M. Rambow sowie des Architektenbüros Geselle-Hardt-Scheler / Erfurt.
Im Jahre 2003 wurde die Kapelle der Thomaskirche renoviert.