Heute gehört das Kloster Huysburg zur internationalen Benediktinerkongregation von der Verkündigung und ist seit dem 8. September 2004 mit der Benediktinerabtei St. Matthias in Trier als Priorat verbunden.

Nach dem Zusammenbruch der DDR wird die Priesterausbildung in Erfurt konzentriert. Das führt zur Schließung des Seminars auf der Huysburg. Der Bischof von Magdeburg erwirbt den Teil der Huysburg, den die Familie von dem Knesebeck zurückerhalten hatte. Die Benediktiner werden mit der Betreuung der Huysburg als ein kirchliches Zentrum des Bistums Magdeburg beauftragt. Die Neugestaltung der Huysburg verbindet mit der kirchlichen Zielsetzung soziale und kulturelle Aufgaben.