Der Einfluss der weltlichen Fürsten war zunehmend auch bei der Einsetzung der Bischöfe spürbar. Kurfürst Friedrich und Herzog Johann von Sachsen setzten 1517 ihren Vetter Philipp, den Herzog von Bayern und zugleich Bischof von Freising, gegen den Widerstand der Domherren als Bischof in Naumburg ein. Beflügelt vom Reformationsgedanken Luthers und unter dem Eindruck des Deutschen Bauernkrieges kam es 1524/25 auch unter der Zeitzer Bevölkerung zu Unruhen. Die Zeitzer Stiftsregierung verbot zu Ostern 1528 sämtliche Neuerungen im Sinne der Reformationsidee wie Predigten, Taufen und Vaterunser in deutscher Sprache, Wegfall des Messopfers, Reichung des Abendmahls an Nicht-Geistliche usw. 1533 bat der Rat der Stadt Zeitz Bischof Philipp um einen protestantischen Prediger, was dieser jedoch ablehnte. 1539 eröffnete der Rat der Stadt eine evangelische Schule am Michaeliskirchhof, und Johann Cramer wurde erster evangelischer Pfarrer von St. Michael. Julius von Pflug, seit 1532 Probst des Zeitzer Stiftskapitels, verließ daraufhin die Stadt Zeitz.  (Quelle: www.zeitz.de)