St. Peter auf dem Berg wird urkundlich erstmals 1276 erwähnt. Während die Kirche des seit dem 8. Jahrhundert bestehenden Klosters Ferrutius den Mönchen vorbehalten war, war die Kirche auf dem Berg für das Volk bestimmt.

Mit der Einführung der Reformation in Nassau-Weilburg 1530 wurden auch in St. Peter auf dem Berg evangelische Gottesdienste gefeiert. St. Ferrutius, mittlerweile zu einem Rittestift umgewandelt, blieb mit den umliegenden Gehöften katholisch, übte aber bis ins 18. Jahhrundert das Patronat aus und durfte somit über die Einsetzung neuer evangelischer Pfarrer mitbestimmen. Zugleich musste das Stift aber auch Unterhaltsleistungen an die Pfarrer zahlen.

1849 wurde das Kirchenschiff wegen Baufälligkeit abgerissen und wieder aufgebaut. Der romanische Turm blieb erhalten. 1855 wurde die Kirche wieder eingeweiht.

1974 erfolgte eine Umfangreiche Innenrenovierung. Die Kanzel wird entfernt, die Bemalungen im Chorraum überstrichen, Altar, Taufstein und Sitzbänke werden erneuert. Der Kirchenraum wird gegenüber der früheren dunklen Farbgebung freundlicher gestaltet.  

1986 erhält die Kirche eine von der Firma Karl aus Aichstätten (Allgäu) erbaute neue Orgel mit 30 Registern.