Die Nikolaikirche ist das zweitälteste Kirchengebäude in Freiberg. Seit ihrer Entweihung im Jahr 1975 befindet sie sich im Besitz der Stadt.

Die Nikolaikirche wurde zwischen 1185 und 1190 in romanischem Stil erbaut. Wahrscheinlich ist sie in den Jahren 1375, 1386 und 1471 bei Stadtbränden stark beschädigt worden. Fast vollständig zerstört wurde sie am 21. Juni 1484, als um 4 Uhr Nachmittags ein Feuer im Haus eines Kupferschmiedes, neben dem Pferdestall des Dominikanerklosters, an der heutigen Prüferstraße, ausbrach. Große Teile der Stadt fielen den Flammen zum Opfer, von der Nikolaikirche blieben nur die beiden Türme und die Seitenmauern erhalten. Infolgedessen gewährte der päpstliche Nuntius all denen einen Ablass, welche sich an der Wiederherstellung der Nikolaikirche beteiligten. Während des Wiederaufbaus erhielt die Kirche ihre zwei Glocken. Sie wurden 1487 und 1498 in der berühmten Glockengießerei Hilliger gefertigt. Um die Finanzierung der Arbeiten zu sichern, ließ Bischof Johann VI. von Meißen ab Juni 1512 Kollekten sammeln. 1518 war die Kirche größtenteils wieder hergestellt, doch noch bis zum Jahr 1578 ist das Langhaus als gotische Hallenkirche erneuert worden. 1630 erfolgte eine Aufstockung der Westtürme und von 1750 bis 1753 ein barocker Umbau der Kirche unter der Leitung von Johann Christoph Knöffel und Johann Gottlieb Ohndorff. Im Zuge der Bauarbeiten erschuf Johann Gottfried Stecher im Jahr 1753 eine Taufe, die am 25. Januar 1754 geweiht wurde.

Eine Orgel wurde von Johann Gottlob Mende in den Jahren von 1842 bis 1845 erbaut. Sie verfügt über zwei Manuale und 28 Register. 1888 erfolgte ein Umbau der Orgel durch die Firma Jehmlich in Dresden.